Façade de l'église abbatiale. Les pèlerins venaient de toute l'Europe et son sanctuaire était le plus fréquenté de tout l'Occident. Les foules qui se pressaient étaient si importantes que 134 changeurs de monnaies leur étaient nécessaires, un chiffre énorme comparé à celui des grandes villes et ports d'Europe qui ne comptaient que 30 changeurs. L'afflux était tel, qu'en 1116, l’église majeure et deux autres églises furent démolies pour laisser place à une nouvelle abbatiale, de 93 mètres de long, édifiée au-dessus de l'église primitive, la crypte actuelle, où reposait le corps du saint..La grande majorité arrivait par le chemin de Régordane, ou chemin de Saint-Gilles, le tronçon cévenol de la route qui reliait l’Île-de-France au Bas Languedoc. Il fut mis en service vers 843, date où le traité de Verdun divisa en trois l’Empire carolingien. Ce chemin devint alors l’itinéraire le plus oriental du royaume, via Le Puy-en-Velay, conduisant au pèlerinage de Saint-Gilles. D'autres routes ont existé, comme celle qu'empruntaient les pèlerins venus de Rocamadour par Conques et Saint-Guilhem-le-Désert. Une autre passait par l'Aubrac et sa domerie placée sous le patronage de saint Gilles. L'église, dévastée en 1562 par les Huguenots, souffre des guerres de Religion. Elle subit une restauration et une finition sommaire au xviie siècle mais son grand clocher-campanile abattu n'est pas relevé. La nef est raccourcie et abaissée, le chœur roman n'est pas relevé. Une nouvelle restauration plus générale de l'édifice a lieu entre 1842 et 1868 sous la direction de Charles-Auguste Questel au cours de laquelle les deux entrées latérales de la grande façade sont débouchées et un large escalier aménagé sur le parvis..Le tombeau de saint Gilles ne sera redécouvert qu'en 1865. Le pèlerinage, quant à lui, ne reprendra que plus tardivement, en 1965. En 1902-1903, Stanford White prit modèle sur le portail de l'abbatiale pour embellir l'église Saint-Barthélémy de New York (en anglais St. Bartholomew, plus communément appelée St. Bart's, à Midtown Manhattan) par un triple portail néo-roman directement inspiré de celui de l'église abbatiale de Saint-Gilles du Gard, qu'il avait admirée en 1878..Depuis 1998, la façade de l'abbatiale est inscrite au Patrimoine mondial de l'UNESCO, au titre d'étape sur les chemins français de Saint-Jacques-de-Compostelle.